工厂干三天离职的处理可能受以下特殊情况影响，需具体分析。
1. 工厂与员工约定试用期无工资且该约定违法：若工厂以试用期为由拒付工资，但试用期无工资的约定违反《劳动法》，员工仍有权要求支付工资，此时工厂的违法约定不影响员工获取工资；
2. 员工未实际提供劳动：例如员工虽到工厂三天但未参与任何工作，工厂可拒绝支付工资，因为工资是劳动的对价，无劳动则无报酬；
3. 工厂因员工离职遭受损失：若员工突然离职导致工厂产生直接经济损失，工厂可在工资中扣除合理损失部分，但需有充分证据证明损失存在及金额，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
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关于工厂干三天离职是否有工资及是否合法的问题，核心结论是有工资且离职行为合法。
工厂干三天离职应当获得工资，且离职行为合法。
1. 若员工实际提供了三天劳动：根据法律规定，只要提供劳动就有权获得报酬，工厂需按约定或法定标准支付三天工资；
2. 若员工处于试用期内：提前三日通知工厂离职即合法，无需工厂批准，且仍有权获得工资；
3. 若员工未提前通知直接离职：离职行为虽可能违反程序，但只要提供了劳动，仍有权获得工资，工厂不得以此为由拒付。
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工厂干三天离职可能存在以下法律风险，需引起重视。
1. 工资追讨证据不足风险：例如员工仅口头说干了三天，无任何书面或电子考勤记录，工厂否认其提供劳动，员工将因证据不足无法追讨工资；
2. 离职程序不当导致赔偿风险：例如员工未提前通知直接离职，工厂有证据证明因员工突然离职造成设备损坏、订单延误等损失，可能要求员工赔偿相应经济损失。
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针对工厂干三天离职应支付工资的结论，可依据《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》的具体条款进行分析。
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”员工在工厂干三天，已实际提供劳动，工厂作为用人单位，无论员工工作时间长短，均需按上述法律规定支付相应工资，不得无故克扣。因此，工厂干三天离职应当获得工资的结论完全符合法律要求。

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